1999年和2004年，农业部先后受理了转基因水稻和玉米的安全评价申请，分别经过11年和6年的严格评价，于2009年8月17日依法批准发放了转植酸酶基因玉米、转基因抗虫水稻的生产应用安全证书。在整个安全评价过程中切实做到：
一是评价指标全面规范。依照《农业转基因生物安全评价管理办法》、《转基因植物安全评价指南》，参考国际食品法典委员会、世界卫生组织、经济合作组织制定的转基因生物安全评价指南，制定了分子特征、环境安全、食用安全、饲用安全等评价指标，部分指标比国际相关标准更加严格。
二是评价过程科学严谨。以转抗虫基因水稻为例，经相关省政府部门审核、安委会评价和农业部批准，研发单位于1999—2000年开展了中间试验、2001—2002年开展了环境释放，2003—2004年开展了生产性试验，2004年申请转基因水稻生产应用安全证书。除申请单位提供的技术资料外，根据安委会的评价意见，2004—2008年，农业部转基因生物安全检测机构对转基因水稻的分子特征、环境安全和食用安全的部分指标进行了检测验证。
三是评价结论真实准确。多年的安全评价试验和检测验证结果表明，转基因水稻、玉米分子特征清晰；未发现环境安全不良影响；关键营养成分没有差异，毒性试验对试验动物未发现不良影响，与已知过敏原无同源性。安委会综合评价认为，转基因水稻和玉米与非转基因对照水稻和玉米具有同样的安全性。
四是决策过程慎之又慎。安委会做出同意发放安全证书的建议后，农业部召开由国务院11个有关部门组成的农业转基因生物安全管理部际联席会议，对安全证书发放事宜进行审议。同时，农业部对后续监管如品种审定区域试验、种子生产经营、商业化生产管理、产品标识目录制定及监督管理等问题进行了认真研究部署。
五是产业应用尚需时间。发放转基因生物安全证书并不等同于允许商业化生产。按照《条例》《种子法》和《主要农作物品种审定办法》等法律法规规定，首先进行严格的区域试验和生产试验，达到标准的才可获得品种审定证书；之后，相关种子企业还要通过严格审核才可获得转基因作物种子生产许可证和经营许可证，方可进行种子生产经营。
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